Em 1912, todos os livros, que se encontravam na Biblioteca Nacional, foram enviados pela Inspecção Geral das Bibliotecas e Arquivos Públicos à Torre do Tombo. Não é ainda conhecida a história custodial e arquivística dos maços. A documentação foi sujeita a tratamento arquivístico, no final da década de 1990, empreendido por técnicos da Torre do Tombo e por investigadores externos. Em Outubro de 1998, foi decidido abandonar a arrumação geográfica por nome das localidades onde se situavam os conventos ou mosteiros, para adoptar a agregação dos fundos por ordens religiosas. Desta intervenção resultou o facto de cada ordem religiosa passar a ser considerada como grupo de fundos, e simultaneamente como fundo, constituído a partir da documentação proveniente da casa-mãe ou provincial, alteração esta que provocou a alteração de cotas nos fundos intervencionados. Foram constituídas séries documentais segundo o princípio da ordem original sempre que possível (com base em índices de cartórios quando existentes), correspondendo à tipologia formal dos actos, e que, na generalidade, é documentação que se apresenta em livro. A documentação que se encontra instalada em maços foi considerada como uma colecção ao nível da série, com a designação de 'Documentos vários', não tendo sido objecto de intervenção. Este projecto deu origem à publicação da monografia designada 'Ordens monástico-conventuais: inventário', com a coordenação de José Mattoso e Maria do Carmo Jasmins Dias Farinha.

Contém privilégios, doações, sentenças, testamentos, composições, bulas, breves, documentos pontifícios e episcopais, documentos régios, inquirições, documentos relativos às igrejas: bulas de anexação, apresentações, doações de padroado, instrumentos de posse, confirmação de capelães, privilégios e um processo relativo à Igreja de Santiago de Amorim; doações, partilhas por herança e testamentos, compras e vendas, escambos, prazos e um processo relativo ao casal da Póvoa, regra dada pelo papa Urbano IV e constituições gerais, patentes, provisões, certidões, correspondência, copiadores de correspondência contendo ofícios, cartas, recibos sobre negócios da comunidade, tomadas de hábito, profissões e óbitos das religiosas, seculares e criadas, requerimentos para entrada e saída de clausura, nomeação de confessores, médicos e cirurgiões, termos de saída da clausura, registo de entrada de confessores e capelães, instituição de capelas, capela instituída pela condessa de Marialva e Loulé, em 1535, no Convento de Santo António de Ferreirim, traslado do testamento, obrigações e certidões de missas, legados de João Pinto Basto, padrões de juro, registo de capitais tomados a juro pela comunidade, registo de dívidas, relação de rendimentos e bens do Convento para apresentação régia, cobrança de rendas, foros e pensões, cobrança de juros de capitais e foros de propriedades, pagamentos satisfeitos por arrematantes de rendas, cadernos dos rendeiros com o registo de dízimas, direitos e foros pertencentes ao Convento em diversas localidades, registos de receita e despesa, recibos de despesa das residências e igrejas do padroado da comunidade, da colecta da décima e contribuições, do quinto, de ordenados de capelães e sacristão, registo de pagamento de tenças às religiosas e à Confraria do Monte do Amor Divino, lembrança de obrigações da comunidade, assento de aluguer de celas, registo de licenças dadas pela abadessa aos caseiros autorizando hipotecas, arrendamentos, sub-emprazamentos e compras e vendas; livros de obras, inventários de objectos de culto e registo de despesas com obras nas igrejas anexas, apontamentos de procuradores de receita e despesa, apontamentos e obras religiosas, hinos e orações, índices do cartório do Convento, formulários para cartas de apresentação de igrejas, eleições de juízes do couto, decretos, avisos, cartas régias, entre outros. A colecção apontamentos e obras religiosas é constituída por orações manuscritas, pautas musicais, disposições litúrgicas, "Tratado de várias instruções conducentes ao estado da alma religiosa" e "Considerações e máximas devotas para solenizar com fruto os seis domingos em honra de São Luís Gonzaga" (tradução do original italiano), "A religiosa instruída" do Padre Arbiolo (1825), "Vida e martírio de Santa Catarina", composta em comédia por Valentim Coelho de Mendonça, Livro das Sortes (1799), Regra de Santo Agostinho, Livro dos Jubileus, notas sobre teoria da música. Inclui os subfundos da Confraria do Santíssimo Sacramento, da Confraria do Monte do Amor Divino e da Confraria de São João Marcos. Fundos Eclesiásticos; Ordem dos Frades Menores - Província de Portugal; Feminino